El Programa de Apoyo Pedagógico del Liceo Bicentenario San José, se ha implementado desde al año 2011 a la fecha, en donde su principal objetivo es ir en beneficio de los estudiantes que presentan necesidades educativas especiales.

El Programa de Apoyo Pedagógico (PIE) es un desafío y una oportunidad para el establecimiento. Un desafío porque el liceo se ve enfrentado a enriquecer la práctica pedagógica para atender a la diversidad de estudiantes posibilitando que los docentes de aula desarrollen las capacidades, recursos y competencias necesarias para brindar respuestas ajustadas a las necesidades de los estudiantes, y una oportunidad para que el establecimiento impulse la inclusión educativa y se comprometa con el aprendizaje de todos (as) los (as) estudiantes, generando condiciones de flexibilización y adecuación del currículo.

Dicho programa actualmente beneficia a 140 estudiantes, lo que equivale al 14 % del total de la matrícula, atendiendo a los niveles de Kínder a tercero medio, cuenta con un equipo multidisciplinario para dichas tareas educacionales.